Заметил в вебмастере что тот удаляет из индекса странички, в которых каноническая страница указана как главная.. ну явно косяк.
По уму надо проверить и поправить каноникалы, но я просто все вырезал, дублей будет не много, а ошибок точно не будет с этим связанных.
А вот вам и кусок PHP как вырезать и забыть как страшный сон все канонические ссылки со странички:
$in = preg_replace('#<link.+?rel="canonical".+?>#',"",$in, -1, $count);