4 сайта из 1 домена, не считая сабов

Какая-то глуппота. Если есть домен, то на одном имени можно сделать 4 разных сайта, не считая поддоменов.

http://site.ru
https://site.ru
http://www.site.ru
https://www.site.ru

Набирая в браузере сайт site.ru , оно само решает какой сайт главный.
Оно заходит на http://site.ru и смотрит, нет ли редиректов, если нет, то загружает http://site.ru
Если есть,то загружает то, куда редик.

Тут все ясно. А вот Яндекс так не считает. Его надо научить в панели вебмастера какое из зеркал главное. Но если зеркал нет, то это тупо разные сайты.
Самое интересное что и XML лимиты у доменов разные. 4 разных лимита.

Конечно www — это как бы саб. Но практически к нему несколько иное отношение у Браузеров. Chrome вырезает www из имени домена точно так же как и протокол. Но грузит оно поддомен, если он указан явно. Похожая история была с поддоменом m.

Зачем 4 сайта на одном домене ?
Да не зачем, правильнее всего редиректнуть все эти домены на один правильный вот такой конструкцией:

RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.(.*)$
RewriteRule ^(.*)$ http://%1/$1 [L,R=301]

RewriteCond %{HTTPS} =on
RewriteRule ^(.*)$ http://%{HTTP_HOST}/$1 [R=301,L]