Если один домен добавить в Вебмастера Яндекса 2 раза, под http и под https, и если вдруг у них у обоих окажется XML лимит = 0, то тот что с https будет выше. А так как ссылочное у них считается одинаковое и ранжирование явно не по алфавиту, то это явно указывает то https имеет хорошие приемущества, а значит можно предположить что в выдаче Яндекс оно так же имеет большой вес.
Впрочем все это субъективизм и гадания на кофейной гуще.